בחודש פברואר 2021 פורסם כי נפגע אתר מזבח יהושע במהלך עבודות הרשות הפלשתינית לסלילת כביש סמוך לשכם וכי אבני האתר שימשו כחצץ לכביש החדש.
במנהל האזרחי מסרו שהאתר נמצא בשטח B, המצוי בשליטה אזרחית של הרש"פ על פי הסכמי אוסלו. המנהל אמון על מימוש הסמכויות האזרחיות בשטחי C בלבד, ומשכך פועל בהם לשימור האתרים הארכיאולוגיים, כמו גם למניעת שוד עתיקות והרס.
ח"כ עוזי דיין, לשעבר אלוף פיקוד המרכז בימי חתימת הסכמי אוסלו חלק על דברי המנהל ואמר כי בימיו כאלוף הפיקוד הודיע שהמזבח בשטח C. כהוכחה לדבריו הציג את רשימת אתרי המורשת שהועברו לחזקת הרשות הפלשתינית הנכללת בהסכם אוסלו, וכי אתר המזבח בהר עיבל אינו נכלל בה.
לאור האירועים אגף המדיניות של תנועת אם תרצו פנה למנהל האזרחי כדי לבחון את הדברים.
במענה שהתקבל מהמנהל האזרחי ביולי 2021 נטען כי:
אתר המזבח בהר עיבל מצוי בשטח B. זאת על סמך תוקף הסכמי הביניים משנת 1995. אין התייחסות ספציפית לאתר במסגרת הסכמי הביניים. האתר אינו נכלל ברשימת האתרים ההיסטוריים שהועברה ע"י ישראל לרש"פ. וכן, ככל הידוע למנהל האזרחי לא שונה מעמדו של האתר ב 7 השנים שקדמו לתשובתם.
אז מצד אחד, במנהל טוענים שהאתר שנפגע על ידי הרש"פ נמצא בשטח B, המצוי בשליטה האזרחית של הרש"פ. מצד שני, האתר אינו ברשימת האתרים הארכיאולוגיים שהועברו לחזקת הרש"פ במסגרת ההסכמים. ובזמן שרשויות המדינה לא יודעות להכריע בידי מי האתר ההיסטורי החשוב הזה, הוא נתון לחסדי הרשות הפלשתינית שרוצה למחוק כל שריד וזכר לזיקה ההיסטורית והלאומית בין עם ישראל למדינת ישראל.
