הביקורת על פעילותה של הקרן לישראל חדשה והארגונים שהיא מממנת אינה חדשה, אולם בשבועות האחרונים ארגוני הקרן הגבירו הילוך בפעילות הגלויה נגד חיילי צה"ל בכל הקשור להפגנות החמאס בעזה. בשבוע שעבר עתרו ארבעה ארגונים הממומנים על ידי הקרן החדשה לבג"ץ- "יש דין", "האגודה לזכויות האזרח", "גישה" ו"המוקד להגנת הפרט" נגד הוראות הפתיחה באש של לוחמי צה"ל. ארגונים אלו קיבלו בשמונה שנים האחרונות מן הקרן לא פחות מ-40 מיליון ₪. במקביל עתר לבג"ץ ארגון "עדאלה" שקיבל 7,601,437 ש"ח מהקרן במטרה לאסור על צה"ל לעשות שימוש בצלפים בגבול הרצועה. "בצלם" שקיבל מעל לשמונה מיליון ש"ח מהקרן לישראל חדשה הפיץ לפני מספר שבועות ברשתות כרזה הקוראת לחיילי צה"ל לסרב פקודה.
